あの日から2年――。ネイサンは、まだ帰ってこない。クレイは最後のひとりになった。手元にはネイサンからの手紙とキャンディが残されている。クレイは後悔に苛まれていた。ネイサンはなにを伝えたかったのか。あの島は、一体なんなのか。ネイサンは――。ある日、クレイはエバンズから直々にヒュプノス島上陸作戦の指揮を打診される。怪我の後遺症を理由に断ったものの、釈然としない思いは強くなるばかりだった。ダスティを育てながらも、クレイは島について独自に調査を続け、やがてその秘密にたどり着く。自分たちはなんのために戦ってきたのか。それぞれが選択を迫られ、たどり着く先は?最後の作戦が今、始まる――。